L'alchimie permet de transformer n'importe quoi en ce que l'on veut. Il existe cependant deux règles que l'on ne peut transgresser, on ne change rien en or et on ne peut recréer un humain. Après le décès de leur mère Alphonse et Edward Elric, fils d'un très grand alchimiste, tentent de braver ce qui est interdit : ressusciter leur mère. Lors de la transmutation, Alphonse perd son corps mais Edward arrive tant bien que mal à « fixer » son âme dans une immense armure. Edward a du transmuter son bras pour sauver son frère et a perdu sa jambe dans la transmutation pour sa mère. Les deux frères décident alors de partir à la recherche de l'objet qui permet toutes les transformations : la pierre philosophale.
